ด้วยเหตุนี้ เมื่อท่านได้มีโอกาสศึกษาธรรม ได้อ่านพุทธประวัติ และประวัติของบรรดาสาวกอรหันต์ทั้งหลายที่ออกมาจากสกุลต่างๆ ตั้งแต่พระราชามหากษัตริย์ มหาเศรษฐี กฎุมพี พ่อค้า ประชาชน ตลอดถึงคนธรรมดา เมื่อบวชแล้วต่างก็ไปบำเพ็ญในป่าในเขา หลังจากรับพระโอวาทจากพระพุทธเจ้าแล้ว เดี๋ยวองค์นั้นสำเร็จพระอรหันต์อยู่ที่นั่น องค์นั้นสำเร็จอยู่ในป่านั้น ในเขาลูกนั้น ในทำเลนี้ มีแต่ที่สงบสงัด ท่านก็เกิดความเชื่อเลื่อมใสขึ้นและคิดอยากบำเพ็ญเพื่อความพ้นทุกข์ เป็นพระอรหันต์ เจริญรอยตามพระสัมมาสัมพุทธเจ้าและเหล่าพระสาวกนั้น จึงได้ตั้งสัตยาธิษฐานว่า เมื่อจบเปรียญสามประโยคแล้ว จะออกปฏิบัติเพื่อความหลุดพ้นโดยฝ่ายเดียว
ท่านได้ศึกษาปริยัติอยู่ประมาณ 7 พรรษา จนกระทั่งในพรรษาที่ 9 ท่านได้มีโอกาสไปกราบนมัสการท่านพระอาจารย์มั่น ภูริทัตโต ซึ่งท่านได้ทราบมาว่าเป็นพระสำคัญมากองค์หนึ่ง มีข้อปฏิปทาที่ผู้คนทั่วไปยกย่องสรรเสริญ ท่านพระอาจารย์มั่น ท่านได้เมตตารับท่านไว้เป็นศิษย์ ตลอดระยะเวลาที่ท่านได้อยู่ปรนนิบัติรับใช้ท่านพระอาจารย์มั่น ท่านมีความซาบซึ้ง ยกย่องท่านพระอาจารย์มั่นเหนือเศียรเกล้า ยอมมอบกายถวายชีวิตบูชาท่านว่าเป็นพ่อแม่ครูอาจารย์
ท่านอาจารย์พระมหาบัว ได้อยู่ศึกษาปรนนิบัติรับใช้ท่านพระอาจารย์มั่นเป็นระยะเวลาประมาณ8 ปี ที่บ้านโคก บ้านนามน และบ้านหนองผือ ท่านอาจารย์ได้ช่วยดูแลกิจการภายในวัด ผ่อนภาระของพ่อแม่ครูอาจารย์ พร้อมทั้งมีความมุ่งมั่นในการประกอบความพากเพียรควบคู่กันไป
ความเอาจริงเอาจังของท่านนั้น ท่านเล่าให้ฟังว่า ถึงขนาดนั่งภาวนาจนก้นแตก และท่านถูกจริตกับอุบายแก้กิเลสตัวเองด้วยการผ่อนอาหาร จึงมักงดฉันอาหารติดต่อกันหลาย ๆ วัน ร่างกายซูบผอมจนเนื้อติดกระดูก ดังมีตัวอย่างท่านพักบำเพ็ญเพียรภาวนาอยู่หมู่บ้านหนึ่ง ท่านเล่าให้ฟังว่าชาวบ้านไม่เห็นท่านออกบิณฑบาตเป็นเวลานานผิดสังเกต จึงพากันเคาะระฆังประชุมกัน ด้วยลือกันว่าท่านคงจะตายแล้วก็เคยมี ท่านเป็นคนมีนิสัยเด็ดเดี่ยวเข้มแข็งมาก ท่านพูดให้เห็นถึงความมุ่งมั่นในการต่อสู้กับกิเลสให้ลูกศิษย์ฟังเสมอว่า ถ้ากิเลสไม่ตาย เราก็ตาย จะให้อยู่เป็นสองระหว่างกิเลสกับเรานั้นไม่ได้ สภาพร่างกายของท่านในช่วงบำเพ็ญเพียรจึงเป็นที่น่าตกใจแก่ผู้พบเห็น แม้ท่านพระอาจารย์มั่นเอง เมื่อท่านได้เห็นสภาพที่ซูบผอมมากของท่านอาจารย์ อีกทั้งผิวกายก็ซีดเหลืองเนื่องจากอดอาหารมาเป็นระยะยาวนานหลังการเที่ยววิเวก ท่านยังเคยอุทานว่า ท่านมหาฯ ถึงขนาดนี้เชียวหรือ แต่ท่านเกรงว่าลูกศิษย์จะตกใจและเสียกำลังใจ ท่านก็กลับพูดให้กำลังใจในทันทีว่า มันต้องอย่างนั้นซิ จึงเรียกว่า นักรบ
ต่อมาท่านพระอาจารย์มั่นได้มรณภาพเมื่อวันที่ 10 พฤศจิกายน พ.ศ. 2492 ณ วัดป่าสุทธาวาส จังหวัดสกลนคร ความรักใคร่อาลัยพ่อแม่ครูอาจารย์มั่นนั้นหาประมาณมิได้ สิ่งหนึ่งที่ท่านแสดงออกถึงความรักเคารพท่านพระอาจารย์มั่นนั้น จะเห็นได้จากที่ท่านอาจารย์ได้ยึดถือข้อวัตรปฏิบัติ และปฏิปทาที่ท่านพระอาจารย์มั่นพาดำเนินมาโดยเคร่งครัด ความเคารพผูกพันระลึกถึงพระคุณของพ่อแม่ครูอาจารย์ที่แนบแน่นฝังจิตของท่านนั้น จะทราบได้ชัดเจนจากคำเทศน์ของท่านในตอนหนึ่งว่า
...ผมไปอยู่ที่ไหน ถ้าไม่ได้กราบท่านอาจารย์มั่นแล้ว นอนไม่ได้ อยู่ที่ไหนก็เหมือนกัน แม้ที่สุดจะเดินจงกรม ก็ต้องหันหน้าไปไหว้ท่านเสียก่อน ถ้ามีรูปท่านเป็นที่หมายของสมมุติ ก็กราบไหว้รูปของท่าน หากไม่มีอะไรเลยก็เอาคุณธรรมของท่านประกอบเรื่องของสมมุติน้อมนมัสการไป พระคุณของท่านไม่มีวันจืดจาง ประหนึ่งว่าท่านไม่ได้ล่วงลับไป ธรรมชาติอันหนึ่งเป็นอย่างนั้น เหมือนกับดูเราอยู่ตลอดเวลา...
หลังจากเสร็จงานถวายเพลิงแล้ว ท่านอาจารย์ได้ปลีกออกจากหมู่เพื่อน ไปอยู่ตามป่าเขาแต่ลำพัง ท่านมุ่งอยู่ในความเพียรตลอด ไม่เคยท้อถอย คอยควบคุมรักษาจิต ภาวนาตลอดรุ่ง ต่อสู้ทุกขเวทนาใหญ่ ต่อสู้ด้วยการเอาชีวิตเข้าแลกธรรม ครั้งหนึ่ง ท่านได้ย้อนกลับไปที่วัดดอยธรรมเจดีย์ (อำเภอโคกศรีสุพรรณ จังหวัดสกลนคร) ณ ที่นี้ ท่านได้พิจารณาแก้ปัญหาธรรมที่ติดค้างอยู่เป็นผลสำเร็จ ในวันแรม 14 ค่ำ เดือน 6 เวลา 5 ทุ่มตรง เป็นพรรษาที่ 16 ดังอุทานธรรมของท่านที่ปรากฎ
... เจ้าตัวเกิดความอัศจรรย์ล้นโลก อุทานออกมาว่า โอ้โห่ ๆ อัศจรรย์หนอ ๆ ก่อนธรรมนี้อยู่ที่ไหน ๆ มาบัดนี้ธรรมแท้ ธรรมอัศจรรย์เกินคาด (เกินโลก) มาเป็นอยู่ที่จิต และเป็นอันหนึ่งอันเดียวกันกับจิตได้อย่างไร และแต่ก่อนพระพุทธเจ้า พระสงฆ์สาวกอยู่ที่ไหน มาบัดนี้ องค์สรณะที่แสนอัศจรรย์มาเป็นอัน หนึ่งอันเดียวกับจิตดวงนี้ได้อย่างไร โอ้โห ธรรมแท้ พุทธะแท้ สังฆะแท้ เป็นอย่างนี้หรือ ไม่อยู่กับความคาดหมายด้นเดาใด ๆ ทั้งสิ้น แต่เป็นความจริงล้วนๆ อยู่กับความจริงล้วน ๆ อย่างเดียว ...
หลังจากนั้นท่านได้ไปจำพรรษาตามที่ต่าง ๆ เช่น วัดหนองผือ ห้วยทราย เป็นต้น
ระยะนี้เองบรรดาพระเณรพากันติดตามท่านไปด้วยมากมาย เพราะเมื่อขาดพ่อแม่ครูอาจารย์มั่นแล้ว หมู่เพื่อนก็ยึดท่านเป็นที่พึ่ง แม้ท่านพระอาจารย์มั่นก็ยังได้เคยปรารภถึงท่านอาจารย์อยู่เนือง ๆ ว่า ท่านมหาฯ ฉลาดทั้งนอกทั้งใน จะเป็นที่พึ่งแก่หมู่คณะได้มาก ท่านก็อนุเคราะห์รับไว้ด้วยเมตตา เพราะมาระลึกถึงความสำคัญของครูบาอาจารย์ที่จะเป็นที่พึ่งและกำลังใจแก่ลูกศิษย์ลูกหา อีกทั้งระลึกถึงองค์ท่านเองที่เคยเสาะแสวงหาครูบาอาจารย์มาแต่ก่อน ทั้งที่ปกติของท่านรักความวิเวกอย่างยิ่ง ประมาณปี พ.ศ.2499 เหตุด้วยระลึกถึงพระคุณของโยมมารดา ปรารถนาให้โยมมารดาได้รู้เห็นธรรม ท่านจึงได้กลับไปที่บ้านตาด และได้บวชชีให้โยมมารดา ตลอดจนแนะนำข้อปฏิบัติภาวนา ช่วงเวลานี้เอง ชาวบ้านตาดได้พร้อมใจกันถวายที่ดินประมาณร้อยกว่าไร่แก่ท่าน เพื่อให้ท่านตั้งเป็นวัดขึ้นตามดำริของท่าน วัดป่าบ้านตาดจึงเกิดขึ้นแต่นั้นมา
วัดป่าบ้านตาดในวันนี้ ได้กลายเป็นจุดรวมใจของพุทธศาสนิกชนทั่วประ เทศ ผู้คนต่างพากันหลั่งไหลมากราบนมัสการท่านอาจารย์มิเว้นแต่ละวัน
ข้อวัตรปฏิบัติ ตลอดจนปฏิปทาที่ท่านอาจารย์ได้รักษาสืบต่อจากพ่อแม่ครูอาจารย์มั่นอย่างเคร่งครัดเหนียวแน่น กลายเป็นความงดงามประทับตาประทับใจแก่บรรดาพุทธศาสนิกชนที่ได้เข้าไปสัมผัส ท่านได้สั่งสอนอบรมพระเณรและฆราวาส ท่านเข้มงวดในด้านจิตตภาวนา รักษาวัด
